Naturräume und Kulturlandschaften sind im Naturpark Jauerling-Wachau untrennbar miteinander verbunden und werden maßgeblich von der Donau geprägt: Der frei fließende Strom begünstigt ein warmes, pannonisch beeinflusstes Klima, artenreiche Hangschluchtenwälder und Trockenrasen, er prägt die Talform sowie das Landschaftsbild und ist Grundlage für den Weinbau.

Der Wechsel von felsigen Steilhängen und offenen Talweitungen prägt Naturräume und Landschaften. Diese besondere geologische, klimatische und landschaftliche Vielfalt spiegelt sich in einer artenreichen Flora und Fauna wider. Das Miteinander von Flusslandschaft, Trockenrasen, Hangwiesen, naturnahen Wäldern, Weinterrassen und Obstgärten macht die ökologische Bedeutung der Wachau aus.

Die unterschiedlichen Lebensräume sind Refugien für 30 verschiedene Orchideen- (z. B. Adriatische Riemenzunge) und über 100 Schmetterlingsarten. Seltene Vogelarten wie Wanderfalke, Schwarzstorch, Uhu, Eisvogel und Wiedehopf sind zu beobachten, Bienenfresser und Seeadler sind regelmäßige Gäste. In den Nebengewässern und wellenschlaggeschützten Seichtwasserzonen der Donau können Jungfische überleben. Über 50 Fischarten – wie Huchen und Nasen – sowie Biber und Fischotter sind zu finden.

Im Frühjahr schmückt die Blüte die Wachau mit einem bunten, ständig wechselnden Farbenkleid. Die Marillenblüte Mitte April gilt als Höhepunkt des Frühlings. In den Wiesen sind Ziesel, Gottesanbeterin und Sägeschrecke angesiedelt und das Wappentier der Wachau – die Smaragdeidechse – fühlt sich besonders in den traditionellen und ökologisch wertvollen Trockensteinmauern wohl.

Die Pflege und Erhaltung der artenreichen Wachauer Trockenrasen und Hangwiesen ist ein Schwerpunkt des Naturschutzes in der Wachau. Die Trockenrasen und Jauerlinger Wiesen gehören zu den prominentesten Naturschutzflächen Österreichs: Über 50 Hektar verbuschte Flächen wurden innerhalb der letzten Jahre geschwendet und gemäht. Traditionelle Kulturlandschaften und natürliche Lebensräume für seltene Tier- und Pflanzenarten wurden wiederhergestellt. Ebenso wurden fast 160 Hektar naturnahe Waldflächen aus der Nutzung genommen und unter Schutz gestellt. Der Große Eichenbock, der Apollofalter und das berühmte, streng geschützte Federgras finden in der Wachau noch Lebensraum.