Naturnahe Wälder sind selten wahrgenommene Naturkostbarkeiten der Wachau. Die steilen Hänge sind in den höheren Lagen überwiegend dicht bewaldet und haben eine hohe Bedeutung als Schutz- und Erholungswälder. Zu den wertvollsten Waldgesellschaften zählen bodensaure Buchenwälder und Kiefernwälder.

Eichen-/Hainbuchenmischwälder sind im Gebiet eher an den Unterhängen und auf flachgründigen und wärmebegünstigten Standorten anzutreffen. Einer der schönsten Flaumeichenbestände Österreichs befinden sich über der Teufelsmauer bei Spitz (zu erwandern auf der Etappe 01 der Jauerling-Runde von Spitz nach Aggsbach Markt). Entlang der Donau finden sich noch Reste der ursprünglichen Aulandschaft. Kleinstflächige Hartholzauwälder finden sich noch zwischen Schönbühel und Aggsbach. Gefährdet sind diese Wälder durch Umwandlung in monotone Fichten- und Douglasienforste, die das Landschaftsbild am Jauerling und in der Wachau verdüstern und seltenen Tieren und Pflanzen keinen Lebensraum mehr bieten.

Koordiniert vom Arbeitskreis Wachau wurden zwischen 2003 und 2008 über das Naturschutzprogramm LIFE-Natur der Europäischen Union in fünf ausgewählten Waldgebieten in der Wachau und am Jauerling insgesamt 160 ha Naturwaldzellen für an Alt- und Totholz gebundene Tierarten eingerichtet. Diese naturbelassenen Gebiete sind u.a. Lebensraum für gefährdete Vogelarten wie Schwarzstorch, Weißrückenspecht, Zwergschnäpper und viele andere. Alt- und Totholz sind für seltene Käfer wie Großer Eichenbock und Hirschkäfer überlebensnotwendig. Waldverbesserungen wurden durchgeführt, indem z.B. Fremdhölzer wie Robinien und standortfremde Fichtenbestände geschlägert wurden. In den Auwaldgebieten, u.a. im Naturpark in Grimsing, wurden standortuntypische Gehölze (Robinie, Eschenahorn) entfernt und neue Auwaldflächen geschaffen. Insgesamt wurden auf rund 65 ha Maßnahmen durchgeführt.

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