Trägerorganisation des Naturparks ist der Verein Naturpark Jauerling-Wachau, ein gemeinnütziger Verein, dessen Mitglieder die sieben Naturparkgemeinden Aggsbach, Emmersdorf, Maria Laach, Mühldorf, Raxendorf, Spitz und Weiten sind. Der Vereinsvorstand besteht aus zwei Vertreter:innen pro Gemeinde, meistens der Bürgermeister / die Bürgermeisterin und ein Gemeinderat / eine Gemeinderätin. Der Vorstand besteht aus Lorenz Reisinger, Bürgermeister von Maria Laach als Obmann, Ing. Johannes Höfinger, Bürgermeister von Raxendorf und Georg Ertl, Bürgermeister von Emmersdorf als Obmann-Stellvertreter, Andrea Prisching, Vize-Bürgermeisterin von Aggsbach als Kassierin und Andreas Nunzer, Bürgermeister von Spitz als Schriftführer, sowie weitere Gemeindevertreter:innen.
Die Naturparkgemeinden bekennen sich ausdrücklich zum Naturpark durch die Unterzeichnung einer Naturparkcharta, die die finanzielle und organisatorische Unterstützung des Vereins durch die Gemeinden garantiert. Geführt wird der Verein durch ein 4-köpfiges Managementteam.